Bizans Müzesi şehir merkezinde, Didimotiho Belediyesi tarafından tahsis edilen arazi üzerine inşa edilmiştir. Müzenin inşası 2009 yılında tamamlanmış ve şimdi kalıcı sergi çalışmaları sürdürülmektedir. Müze bölümlerinde, Didimotiho Bölgesi’nin yanı sıra bütün Trakya’da Roma döneminden bölgenin Yunanistan’a katılımı dönemine kadar keşfedilen arkeolojik buluntular sergilenecek. Sergi bölümlerinde, iletişim ağları, ulaşım ve bunlar etrafındaki yerleşim birimleri ve korunma surları, manastır toplulukları, anıtsal topografya, kilise ve diğer dini binalar, Bizans ve Osmanlı döneminde şehirde yaşam gibi konulara ağırlık verilecek. Müzenin amacı, çok katmanlı ve çift yönlü çerçeve içinde ziyaretçi ve geçmiş tarihin çeşitli malzeme kalıntıları arasında deneyimsel bilgi sağlamaktır. Müze, bir bodrum ve zemin katın yanı sıra, birinci katta geçici sergiler, kamu hizmeti, kültürel aktiviteler, ofis, atölye, depo ve kahve bölümünü içermektedir.